1a. Edición: Taller de Filoinformática - UNLP, 2-6 Julio 2018, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Argentina, gracias al apoyo recibido por la Red Temática Agromicrobios del Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo - CYTED, la Facultad de Ciencias Exactas - UNLP y el CONICET.
Hola, me llamo Pablo Vinuesa. Soy investigador titular del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM.
Mis líneas de investigación integran la genómica y la bioinformática con la biologáa y genética molecular para entender la evolución y emergencia de patógenos oportunistas a partir de microbios ambientales.
A través de estas páginas se distribuyen los apuntes, ejercicios y datos que se usarán en el Taller. Es una recopilació de material desarrollado por Pablo Vinuesa, instructor del Taller, para diversos cursos y talleres que ha impartido principalmente en la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM. Este matrial docente lo distribuyo públicamente a través de este repositorio GitHub bajo la licencia de Creative Commons.
Las clases se imparten en el salón de cómputo del Instituto de Biotecnología de 9 a 18 hrs. Algunas sesines teóricas esperamos poder impartirlas en el auditorio.
Cada tema tiene un bloque de teoría y una o más sesiones prácticas asociadas. Se explicarán los principios básicos de búsqueda de homólogos en bases de datos, alineamientos múltiples, e inferencia filogenética, para culminar con el análisis pangenómico y filogenómico de genomas microbianos.
El trabajo en genómica se realiza en servidores UNIX o GNU/Linux de alto rendimiento. Es por ello esencial familiarizarse con este ambiente de cómputo al inicio de la formación académica. En consecuencia: