1.1 Licencia y términos de uso

El material docente del curso_perl4bioinfo lo distribuyo públicamente a través de este repositorio GitHub bajo la Licencia No Comercial Creative Commons 4.0

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 Licencse

CC BY-NC 4.0 license

1.2 Clonación del repositorio

Si tienes instalado git en tu computadora, puedes clonar el repositorio con el comando:

git clone https://github.com/vinuesa/curso_perl4bioinfo.git

sudo apt install git

Alternativamente, puedes descargar el archivo master.zip

1.3 Módulos del CPAN, requeridos para este tema

• \(Statistics::Descriptive\)
• \(Statistics::Distributions\)
• \(Bio::Perl\)
• \(cpanm\)

sudo apt install perldoc cpanminus bioperl libstatistics-descriptive-perl libstatistics-distributions-perl

Estos módulos están en el directorio \(lib\) del repositorio GitHub.

1.4 binarios a instalar, usando \(apt\) (distribuciones Debian, como Ubuntu)

sudo apt install muscle clustalo fasttree phyml

Estos binarios (Linux, 64bit) están en el directorio \(bin\) del repositorio GitHub.

2.1 ¿Qué es un paquete?

Perl usa paquetes para particionar o dividir en compartimentos el espacio global de identificadores, es decir, de los nombres de variables, subrutinas, descriptores de archivos y formatos.

Cuando ejecutamos un script de Perl, todas las variables y nombres de subrutinas o descriptores de archivos (file handles) están definidos en el paquete principal, llamado package main.

Cada identificador global tiene de hecho dos partes: su nombre de paquete y su identificador. Estas dos “piezas” están separadas la una de la otra por un doble doble-punto ::

Así por ejemplo, la variable \(stats::x* es la variable global *\)x, que reside en el paquete \(stats\).

\(main::x* es la variable *\)x definida en el paquete \(main\). Ambas variables son completamente independientes.

2.2 ¿Qué es un módulo?

De manera muy simple, podríamos definir a un módulo como la unidad de re-uso y distribución de código en Perl. Más formalmente, se trata de un paquete definido en un archivo que lleva el mismo nombre del paquete y tiene la terminación \(.pm\), es decir, algo como NombrePaquete.pm

Los módulos contienen funciones relacionadas y están diseñados para ser usados por programas que llaman a dichos módulos, o incluso otros módulos que llaman a las funciones contenidas en diversos módulos externos.

Cada módulo tiene una interfaz pública, que permite el acceso a las funciones y variables definidas en ellos. Llamamos clases a los módulos con interfaz dirigida a objetos. Como tales, son paquetes

2.3 ¿Para qué sirven los paquetes?

Imagina que tenemos dos programas independientes y decidimos crear un tercero que combina las mejores características de ambos.

Al copiar y pegar funciones y variables de ambos en el nuevo, nos damos cuenta que comparten nombres, como la variable escalar $contador y el arreglo \(@misGenomas\).

Si no se modifican sus nombres, habrá colisión (interferencia) entre las variables.

La solución son los paquetes, que particionan el espacio global de identificadores.

Asignando las variables, subrutinas y descriptores de archivos de cada programa fuente a un paquete diferente, podremos usarlos sin problemas desde un tercer programa que los llama con su nombre completamente calificado, es decir, incluyendo el nombre del paquete.

2.4 En resumen:

1. los paquetes evitan colisiones entre nombres importados a programas de Perl, permitiendo así importar las funcionalidades ofrecidas por diferentes módulos a un mismo programa de Perl.

2. Los módulos a su vez nos ayudan a agrupar variables y funciones relacionadas en archivos individuales, facilitando así a la organización (modularización) del código, favoreciendo el re-uso de funciones (o métodos).

2.5 Los paquetes como separadores del espacio de nombres – ejemplo1

#!/usr/bin/env perl

# programa: paquetes1.pl
# El concepto de paquetes como divisores del espacio de nombres para evitar colisiones entre simbolos

# estamos en el paquete principal "main"
$secuencia = 'MVLLIATG';

# declaramos un nuevo paquete y declaramos una variable en dicho paquete
package Seq1;
$secuencia = 'AAAAAAAA';

# declaramos un segundo paquete y declaramos una variable en dicho paquete
package Seq2;
$secuencia = 'CCCCCCCC';

# regresamos al paquete main e imprimimos los valores de las 3 variables escalares secuencia
package main;

# imprimimos las secuencias, usando las variables completamente calificadas
print "\n\tmain es: $secuencia"
     ."\n\tSeq1 es: $Seq1::secuencia"
     ."\n\tSeq2 es: $Seq2::secuencia\n\n";

## 
##  main es: MVLLIATG
##  Seq1 es: AAAAAAAA
##  Seq2 es: CCCCCCCC

## # contents of Seq1.pm
## package Seq1;
## $secuencia = 'AAAAAAAA';
## 
## 1;
## ------------------------------------------------------------
## # contents of Seq2.pm
## package Seq2;
## $secuencia = 'CCCCCCCC';
## 
## 1;

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

my $host = `hostname`;

# programa: paquetes2.pl
# El concepto de paquetes como divisores del espacio de nombres para evitar colisiones entre simbolos.
# Importanmos simbolos desde dos paquetes externos usando la directiva 'use paquete;'.
# Estos paquetes estan guardados en los archivos Seq1.pm y Seq2.pm, y por tanto representan modulos
# (aunque todavia muy primitivos y poco funcionales, ...)

if ($host eq "alisio")
{ 
   use lib qw(/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code);
}
else
{
   # >>> EDITEN ESTA LINEA PARA APUNTAR AL PATH CORRECTO 
   #       EN EL QUE SE ENCUENTRAN LOS ARCHIVOS '*pm'    <<<
   use lib qw(/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code);
}

use Seq1;
use Seq2;

my $secuencia = 'MVLLIATG';

# imprimimos los valores de las 3 variables escalares secuencia
print "\n\tmain es: $secuencia"
     ."\n\tSeq1 es: $Seq1::secuencia"
     ."\n\tSeq2 es: $Seq2::secuencia\n\n";
     

## 
##  main es: MVLLIATG
##  Seq1 es: AAAAAAAA
##  Seq2 es: CCCCCCCC

2.6 Construcción de un módulo, paso a paso

En esta sesión del curso vamos a ir escribiendo progresivamente el módulo \(PhyloTools\) y el script \(run\_phyloTools.pl\).

Con ellos podremos hacer un análisis filogenético completo, incluyendo el alineamiento múltiple de secuencias, la estima filogenética bajo máxima verosimilitud, usando diferentes algoritmos y modelos, e incluso evaluar el ajuste de diversos modelos a los datos, usando tanto pruebas de razones de versomilitud (LRTs) como pruebas basadas en el contenido de información de Akaike (AIC).

Iremos construyendo dicho módulo y scipt paso a paso, explicando en el camino los componentes de un módulo.

Para empezar, descarguen y exploren los programas run_muscle.pl, \(run\_aligners.pl\), así como los módulos asociados \(PhyloTools1.pm\) y \(PhyloTools2.pm\)

La principal diferencia entre estos módulos radica en que el primero de ellos no exporta las subrutinas, mientras que el segundo sí lo hace.

Por ello, en \(run\_muscle.pl\) necesitamos llamar a la función de \(PhyloTools1.pm\) usando la declaración completa \(PhyloTools1::run\_muscle\).

En \(run\_aligners.pl\) podemos simplemente llamar a la subrutina \(run\_muscle\), ya que es exportada por \(PhyloTools2.pm\) gracias al uso del módulo Exporter, que viene con Perl.

Veamos los detalles:

## # >>> Contents of PhyloTools1.pm <<< #
## # Pablo Vinuesa, http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa
## # 2018 CCG-UNAM, Mexico, 
## # Modulo de ejemplo del curso "Introduccion a la programacion en Perl para bioinformatica"
## 
## package PhyloTools;
## use strict;
## use warnings;
## 
## use File::Basename;
## use Carp;
## 
## my $muscle_bin = '/usr/bin/muscle';
## 
## my @binaries = ($muscle_bin);
## 
## foreach my $bin (@binaries)
## {
##   check_is_installed($bin);
## }
## #--------------------------------------------------------------------------------------
## #---------------------------------- SUBROUTINES ---------------------------------------
## #--------------------------------------------------------------------------------------
## 
## sub check_is_installed
## {
##    my @binaries = @_;
##    foreach my $bin (@binaries)
##    {
##        if( ! -x "$bin")
##        {
##           croak "\n#ERROR! $bin is not installed. Please install or check path setting\n\tExiting now!\n";
##        }
##    }
## }
## #--------------------------------------------------------------------------------------
## 
## sub run_muscle   
## {
##    my($infile, $clean, $verbosity) = @_;
## 
##    my $filename = basename($infile);
##    my( $file_basename, $file_ext) = split(/\./,$filename);
## 
##    my $tmpfile1 = $file_basename . "_tmp1.mus";
##    my $tmpfile2 = $file_basename . "_tmp2.mus";
##    my $outfile  = $file_basename . "_musAln.$file_ext"; 
## 
##    # run muscle with x2 refinement rounds after the primary alignment; note, -stable is not available anymore in muscle 3.8.31
##    print "# sub run_muscle is running $muscle_bin < $infile > $tmpfile1 -quiet ...\n" if $verbosity ;
##    system(" $muscle_bin < $infile > $tmpfile1 -quiet ");
##    system(" $muscle_bin < $tmpfile1 > $tmpfile2 -refine -quiet ");
##    system(" $muscle_bin < $tmpfile2 > $outfile -refine -quiet ");
##    
##    # clean file
##    if($clean==1)
##    { 
##      print "# will remove tmp files $tmpfile1, $tmpfile2\n" if $verbosity ;
##      unlink $tmpfile1, $tmpfile2; 
##    }
## 
##    # check the output file is there
##    if(! -s $outfile)
##    { 
##      print "# ERROR; outfile $outfile is empty\n";
##      return; 
##    }
##    else
##    { 
##      print "# run_muscle() returned aligned outfile $outfile\n";
##       return $outfile; 
##    }
## }
## #--------------------------------------------------------------------------------------
## 
## 1;

## # >>> Contents of run_muscle.pl <<< #
## #!/usr/bin/env perl
## 
## # 1. load modules and pragmas
## use strict;
## use warnings;
## use Carp;
## use Cwd;
## use File::Basename;
## 
## my $cwd = getcwd;
## my $host = `hostname`;
## 
## # >>> Note the use of a BEGIN{ } block, to set the path in @INC at compile time!
## if ($host eq "Tenerife")
## { 
##    # BEGIN { unshift @INC, '/export/data/dbox/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code' ;} 
##    use lib qw(/export/data/dbox/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code) ;
## }
## else
## {
##    # >>> EDIT THIS LINE TO SET THE CORRECT PATH TO THE *pm FILES <<<
##    # BEGIN { unshift @INC, '/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code' ;}
##    use lib qw(/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code) ;
## }
## 
## use PhyloTools1;
## 
## my $VERSION = 0.2; # v0.2_16Oct2018
## my $progname = basename($0);
## 
## print_help() unless @ARGV;
## 
## my $fasta_file = shift @ARGV;
## 
## croak "\n# ERROR: no fasta file $fasta_file in dir $cwd!\n\n" if ! -s $fasta_file;
## 
## # run muscle
## print "# will run muscle to align file: $fasta_file\n";
## PhyloTools::run_muscle($fasta_file, 1);
## 
## #-----------------------------------------------------------
## sub print_help
## {
##   print <<"EOF";
##   
##   USAGE:
##     $progname version $VERSION requires a fasta file name as a single argument on the command line 
##      
##   AIM:
##     will run muscle to align the provided fasta file
##     
##   CWD:
##     $cwd    
##  
## EOF
##    exit 0
## }

/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code/run_muscle.pl

##   
##   USAGE:
##     run_muscle.pl version 0.2 requires a fasta file name as a single argument on the command line 
##      
##   AIM:
##     will run muscle to align the provided fasta file
##     
##   CWD:
##     /home/vinuesa/Cursos/perl4bioinfo    
## 

script_dir=/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code/
$script_dir/run_muscle.pl GDP_12_prokEuc.faa

## # will run muscle to align file: GDP_12_prokEuc.faa
## # run_muscle() returned aligned outfile GDP_12_prokEuc_musAln.faa

head -15 /home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code/PhyloTools2.pm

## # Pablo Vinuesa, http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa
## # 2018 CCG/UNAM, Mexico, 
## # Modulo de ejemplo del curso "Introduccion a la programacion en Perl para bioinformatica"
## # el codigo y tutorial estan disponibles en: https://github.com/vinuesa/curso_perl4bioinfo
## 
## package PhyloTools2;
## use strict;
## use warnings;
## 
## our $VERSION = '0.2'; # v0.2 17 Nov. 2018
## our(@ISA, @EXPORT);  # our($VAR1, @ARR1 ...) are package global symbols!
## use Exporter;
## 
## @ISA    = qw(Exporter);                  # activamos el proceso de exportacion
## @EXPORT = qw( run_muscle run_clustalo);  # exportamos automaticamente las subrutinas indicadas

package YourModule;
require Exporter;    # load the Exporter module from @INC
@ISA = qw(Exporter); # use YourModule implicitly calls the method YourModule->import()
@EXPORT_OK = qw(munge frobnicate);  # symbols to export on request by calling script

use YourModule qw(frobnicate);  # import listed symbols; implicitly calls the method YourModule->import()
frobnicate($left, $right)         # calls YourModule::frobnicate()

head -30 /home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code/run_aligners.pl

## #!/usr/bin/env perl
## 
## use strict;
## use warnings;
## 
## use File::Basename;
## use Cwd;
## use Carp;
## 
## my $cwd = cwd();
## my $hostname = '';
## 
## if ($hostname eq "Tenerife")
## { 
##    # BEGIN { unshift @INC, '/export/data/dbox/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code' ;} 
##    use lib qw(/export/data/dbox/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code) ;
## }
## else
## {
##    # >>> EDIT THIS LINE TO SET THE CORRECT PATH TO THE *pm FILES <<<
##    # BEGIN { unshift @INC, '/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code' ;}
##    use lib '/home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code' ;
## }
## 
## use PhyloTools2; # use PhyloTools2 qw(run_clustalo run_muscle); # <<< if using @EXPORT_OK()
## 
## my $VERSION = 0.3; # v0.3_22Oct2018
## my $progname = basename($0);
## 
## print_help() unless @ARGV;

...

if( $alignment_algorithm eq "muscle")
{
   my $mus_aln = run_muscle($fasta_file, 1); # <== llamada directas a la sub
}
else
{
  my $cluo_aln =  run_clustalo($fasta_file); # <== llamada directas a la sub
}
...

  /home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code/run_aligners.pl

##   
##   USAGE:
##     run_aligners.pl version 0.3 requires 2 arguments:
## 
##     - Required
##         1. A fasta file name 
## 
##     - Optional
##         2. an alignment algorithm name <clustalo|muscle>
##      
##   AIM:
##     will run clustalo or muscle to align the input fasta file
##     
##   CWD:
##     /home/vinuesa/Cursos/perl4bioinfo    
## 

  /home/vinuesa/Dropbox/Cursos/perl4bioinfo/my_code/run_aligners.pl GDP_12_prokEuc.faa

## # &run_clustalo is running /usr/local/bin/clustalo -i GDP_12_prokEuc.faa -o GDP_12_prokEuc_cluoAln.faa --force
## # &run_clustalo returned aligned outfile GDP_12_prokEuc_cluoAln.faa

package PackageName;
use strict;
use warnings;

our(@ISA, @EXPORT, $VERSION);
use Exporter;

$VERSION = '0.01';
@ISA     = qw(Exporter);
@EXPORT  = qw(sub1 sub2 …);

sub sub1
{
  # tu código
}

sub sub2
{
  # tu código
}

1; # recuerda que el módulo debe terminar retornando un valor verdadero!

2.7 Documentación de módulos con \(POD\)

Un módulo no está completo si no tiene documentación.

En general, toda la documentación de Perl se escribe en formato POD (Plain Old Documentation). Se trata de un lenguaje de marcado que permite incluir bloques de documentación en un script o módulo de perl y su lectura desde la línea de comandos usando el programa \(perldoc\).

Cuando el intérprete \(perl\) encuentra un signo = al inicio de una linea, tal como =head1, cambia al modo de procesamiento de POD, hasta que encuentra una línea que inicia con =cut.

Para compilar el código, perl ignora estos bloques (como muchos programadores …).

1. Descarga \(PhyloTools3.pm\) y analiza su contenido, en particular los bloques \(POD\).
2. Corre \(perldoc\ PhyloTool3s.pm\)
3. Ejecuta \(podchecker\ PhyloTools3.pm\)

Aprende a usar \(POD\) estudiando \(perldoc\ perlpod\) (y \(perldoc\ perlpodspec\))

3.1 El arreglo \(@INC\)

¿Dónde busca Perl los módulos instalados en el sistema?

El compilar Perl, se pasa una lista de directorios, que es sistema-específica, en la que se van a guardar los módulos estándar que se distribuyen con Perl, así como módulo instalados con poderes de superusuario.

La lista de esos directorios la exporta Perl al arreglo \(@INC\)

Para ver los detalles de configuración de la compilación del intérprete \(perl\), usa la siguiente línea, que incluye, al final de la copiosa salida, los directorios que se incluyen en el arreglo \(@INC\).

perl -V | tail -10; # imprime sólo las últimas líneas de la copiosa salida

##   @INC:
##     /etc/perl
##     /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.1
##     /usr/local/share/perl/5.26.1
##     /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26
##     /usr/share/perl5
##     /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26
##     /usr/share/perl/5.26
##     /usr/local/lib/site_perl
##     /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base

Cualquier módulo instalado en dichos directorios será accesible desde cualquier script que se corra en el sistema al invocar la directiva \(use\ module\)

3.2 Listar módulos de la distribución estándar

Perl viene con una gran cantidad de módulos pre-instalados y listos para ser usados. Por ejemplo, la mayor parte de los > 66MB de la distribución v.5.26.1 corresponde a módulos, concretamente 893!

Puedes usar el módulo \(Module::CoreList\) para ver o contar los módulos que vienen con cada distribución.

¿Sabes qué versión de Perl estás corriendo?

perl -v; # imprime la versión de Perl

## 
## This is perl 5, version 26, subversion 1 (v5.26.1) built for x86_64-linux-gnu-thread-multi
## (with 67 registered patches, see perl -V for more detail)
## 
## Copyright 1987-2017, Larry Wall
## 
## Perl may be copied only under the terms of either the Artistic License or the
## GNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.
## 
## Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found on
## this system using "man perl" or "perldoc perl".  If you have access to the
## Internet, point your browser at http://www.perl.org/, the Perl Home Page.

¿Sabes qué versión del kernel Linux estás corriendo y qué distribución?

uname -a; # imprime la versión del kernel de Linux
echo '-----------------------------------------------------------------------'
lsb_release -a # imprime detalles de la distribución de Linux

## Linux alisio 4.15.0-70-generic #79-Ubuntu SMP Tue Nov 12 10:36:11 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
## -----------------------------------------------------------------------
## No LSB modules are available.
## Distributor ID:  Ubuntu
## Description: Ubuntu 18.04.3 LTS
## Release: 18.04
## Codename:    bionic

Ejecuta este one-liner, para ver el número de \(módulos core\) en tu distirbución de Perl.

perl -MModule::CoreList -e 'print join "\n", Module::CoreList->find_modules(qr/.*/), "\n"' | wc -l

## 893

Es decir, Ubuntu 18.04.1 LTS corre Perl v5.26.1, con 893 módulos core.

Además de estos módulos de la distribución estándar, los programadores de Perl pueden usar cualquiera de los >> 100,000 módulos existentes en CPAN (Comprehensive Perl Archive Network).

En conjunto, estos módulos permiten al programador de Perl escribir con gran facilidad programas para todo tipo de aplicaciones, desde programación Web y de bases de datos a estadística, graficado y bioinformática, por mencionar sólo algunas de las áreas relevantes para este curso.

Veremos cómo buscar módulos en CPAN y su instalación un poco más adelante. Ahora nos enfocaremos a explorar algunos módulos de la distribución estándar, aprendiendo a manejar \(perldoc\) y a usar módulos con interfaz funcional y dirigida a objetos.

3.3 Uso de \(perldoc\) para explorar la documentación de módulos de Perl

\(perldoc\) es un programa muy útil para explorar la copiosa documentación que viene con Perl y cada uno de sus módulos. Veamos algunos ejemplos:

3.4 Algunos módulos muy utilizados de la distribución estándar, listados por área de uso

3.5 Uso de módulos core con interfaz funcional

#!/usr/bin/env perl

use File::Basename;

$fullname = '/home/user/bin/my_perl_script.pl';
@suffixlist = qw(pl pm);

($name,$path,$suffix) = fileparse($fullname,@suffixlist);
$name = fileparse($fullname,@suffixlist);
$basename = basename($fullname,@suffixlist);
$dirname = dirname($fullname);

print "$name | $basename | $dirname | $suffix\n"

## my_perl_script. | my_perl_script. | /home/user/bin | pl

use Getopt::Std;

# -o & -i are boolean flags, -f takes an argument. Values in %opts
getopts('oif:', \%opts); 

. ./set_script_dir_by_hostname
$script_dir/LRT_calculator.pl

## 
##      LRT_calculator.pl vers. 0.1 usage [options]:
##    -h  this help message
##    -l  lnL0    (required)
##    -L  lnL1    (required)
##    -d  df      (required)
##    -a  alpha   (optional, default:0.05)
## 
##   AIM:  
##     LRT_calculator.pl uses as input the -lnL scores of a pair of nested H1 and H0 models  
##        to calculate the corresponding LRT statistic [LRT = 2(lnL H1 - lnL H0)],
##         and compute its significance at a user-defined alpha (critical value).
##        
##   USAGE EXAMPLE: 
##     LRT_calculator.pl -l -19955.541 -L -19953.1245 -d 3
##     LRT_calculator.pl -l -19955.541 -L -19950.1245 -d 3
##  

my $a = 0.05; # set default alpha
my (%opts,$lnL0,$lnL1,$df);

getopts('l:L:d:a:h', \%opts);

if(($opts{'h'})||(scalar(keys(%opts))==0)) 
{ 
   print_help();
}

if(defined($opts{'h'})){ print_help(); }

if(defined($opts{'l'})){ $lnL0 = $opts{'l'}; }
else{ die "ERROR: no lnL score for the null hypothesis (lnL0) provided\n\n"; }

if(defined($opts{'L'})){ $lnL1 = $opts{'L'}; }
else{ die "ERROR: no lnL score for the alternate hypothesis (lnL1) provided\n\n"; }

if(defined($opts{'d'})){ $df = $opts{'d'}; }
else{ die "ERROR: no degrees of freedom (df) provided\n\n"; }

if(defined($opts{'a'})){ $a = $opts{'a'}; }

. ./set_script_dir_by_hostname
$script_dir/LRT_calculator.pl -l -19955.541 -L -19950.1245 -d 4

##  LRT_calculator.pl v.0.1 running with the following parameters:
##     
##     lnL0=-19955.541, lnL1=-19950.1245, df=4, q=0.05
## 
## 
##  LRT=10.8329999999987 | Chi-squared-crit-val (df=4; q=0.05) = 9.4877 | p-val=0.028506
## 
## >>> Significant ChiSq test! pchisq(0.028506) < alpha(0.05); LRT(10.8329999999987) > crit.val(9.4877) ==> reject the null model!

. ./set_script_dir_by_hostname
$script_dir/LRT_calculator.pl -d 5 -L -19950.1245 -l -19955.541 -a 0.01

##  LRT_calculator.pl v.0.1 running with the following parameters:
##     
##     lnL0=-19955.541, lnL1=-19950.1245, df=5, q=0.01
## 
## 
##  LRT=10.8329999999987 | Chi-squared-crit-val (df=5; q=0.01) = 15.086 | p-val=0.054794
## 
## >>>Non-significant ChiSq test! pchisq(0.054794) > alpha(0.01); LRT(10.8329999999987) <= crit.val(15.086) ==> cannot reject the null model!

4.1 Búsqueda de módulos en CPAN usando “SEARCH CPAN”

Para buscar módulos en CPAN, lo mejor es usar uno de los buscadores especializados como Search-CPAN! Visita http://search.cpan.org/.

En este buscador pueden buscar por nombre de módulo o autor.

Una lista de “top-CPAN-authors” pueden verla aquí: http://thegestalt.org/simon/perl/wholecpan.html

Por ejemplo, hagan una búsqueda con el término Statistics para ver qué módulos encuentran.

use Statistics::Distributions;

sub LRT_significance_calculator
{
   my ( $lnL0, $lnL1, $df, $a ) = @_;
   
   my $LRT = 2*( $lnL1 - $lnL0 );
   my $qchisq=Statistics::Distributions::chisqrdistr($df,$a);  
   my $pchisq=Statistics::Distributions::chisqrprob($df,$LRT);

   print STDOUT "\n\tLRT=$LRT | Chi-squared-crit-val (df=$df; q=$a) = $qchisq | p-val=$pchisq\n\n";
   
   return($LRT,$pchisq,$qchisq);
}

my ($LRT,$pchisq,$qchisq)=LRT_significance_calculator($lnL0, $lnL1, $df, $a);

if ($pchisq <= $a){ print ">>> Significant ChiSq test! pchisq($pchisq) < alpha($a); LRT($LRT) > crit.val($qchisq) ==> reject the null model! \n\n"}
else{ print ">>>Non-significant ChiSq test! pchisq($pchisq) > alpha($a); LRT($LRT) <= crit.val($qchisq) ==> cannot reject the null model!\n\n"}

4.2 Instalación de módulos CPAN y su llamada desde scripts

Veamos ahora cómo insatalar módulos de CPAN. Tenemos varias opciones para ello. Sólo revisaremos algunas de ellas, en base a nuestros permisos y necesidades. Veamos algunos escenarios. Como ejemplo, veamos opciones para instalar el módulo \(Statistics::Distributions\) usado por el script \(LRT\_calculator.pl\) arriba mencionado.

apt-cache search Statistics::Distributions

sudo apt install libstatistics-descriptive-perl

mkdir -p $HOME/CPAN/downloads

cd $HOME/CPAN/downloads

wget –c https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIKEK/Statistics-Distributions-1.02.tar.gz
tar –xvzf Statistics-Distributions-1.02.tar.gz
cd Statistics-Distributions-1.02

# Si no tienes poderes de administrador, instala el módulo en un directorio al que tengas acceso, por ejemplo: 
perl Makefile.PL INSTALL_BASE = $HOME/CPAN/
make
make test
make install

perl Buil.PL --install_base = $HOME/CPAN/
perl Build
Perl Build test
Perl Build install

sudo apt install cpanm

NAME
    cpanm - get, unpack build and install modules from CPAN

SYNOPSIS
      cpanm Test::More                                 # install Test::More
      cpanm MIYAGAWA/Plack-0.99_05.tar.gz              # full distribution path
      cpanm http://example.org/LDS/CGI.pm-3.20.tar.gz  # install from URL
      cpanm ~/dists/MyCompany-Enterprise-1.00.tar.gz   # install from a local file
      cpanm --interactive Task::Kensho                 # Configure interactively
      cpanm .                                          # install from local directory
      cpanm --installdeps .                            # install all the deps for the current directory
      cpanm -L extlib Plack                            # install Plack and all non-core deps into extlib
      cpanm --mirror http://cpan.cpantesters.org/ DBI  # use the fast-syncing mirror
      cpanm --from https://cpan.metacpan.org/ Plack    # use only the HTTPS mirror

cpanm -i Statistics::Descriptive
cpanm --local-lib=~/perl5 local::lib && eval $(perl -I ~/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib)

perl –e ‘print join “\n”, @INC’

# asumiendo que usas el shell Bash, añade esta línea a tu archivo ~/.bashrc o ~/.bash_profile
export PERL5LIB=$HOME/CPAN

4.3 Cómo obtengo la lista de los módulos externos instalados en el sistema?

Podemos listar y explorar los módulos instalados por el usuario (independientes de la distribución estándar) usando cualquiera de las sigientes opciones.

1. \(instmodsh\) - un shell para explorar módulos instalados

perldoc instmodsh

Pueden explorar el código del módulo con un editor de texto como \(vi\), el editor por excelencia en Linux

vi $(which instmodsh)

2. usando el módulo \(ExtUtils::Installed\)

Veamos su documentación:

perldoc ExtUtils::Installed

Corramos un \(perl\ 1-liner\) llamando al módulo \(ExtUtils::Installed\) para ver la lista de módulos

perl -MExtUtils::Installed -e 'my ($inst) = ExtUtils::Installed->new( skip_cwd => 1 ); my (@modules) = $inst->modules(); print join "\n",  @modules, "\n";'

## Algorithm::Combinatorics
## Algorithm::Munkres
## Alien::Build
## Alien::Libxml2
## Array::Compare
## B::Hooks::EndOfScope
## B::Hooks::OP::Check
## Bio
## Bio::EUtilities
## Bio::Phylo
## CPAN::Meta::Check
## Cache::LRU
## Canary::Stability
## Capture::Tiny
## Class::AutoClass
## Class::Data::Inheritable
## Class::Inspector
## Class::Load
## Class::Load::XS
## Class::Measure
## Class::Method::Modifiers
## Class::Singleton
## Class::Tiny
## Class::XSAccessor
## Clone
## Const::Fast
## Convert::BinHex
## Convert::Binary::C
## Crypt::RC4
## DBD::SQLite
## DBI
## DBIx::Connector
## DIME::Tools
## Data
## Data::OptList
## Data::Perl
## Data::TemporaryBag
## Data::UUID
## DateTime
## DateTime::Format::W3CDTF
## DateTime::Locale
## DateTime::TimeZone
## Devel::Caller
## Devel::CheckLib
## Devel::Cycle
## Devel::GlobalDestruction
## Devel::Hide
## Devel::LexAlias
## Devel::OverloadInfo
## Devel::StackTrace
## Digest::Perl::MD5
## Dist::CheckConflicts
## Encode
## Error
## Eval::Closure
## Exception::Class
## ExtUtils::Config
## ExtUtils::Depends
## ExtUtils::Helpers
## ExtUtils::InstallPaths
## ExtUtils::PkgConfig
## FFI::CheckLib
## File::ShareDir
## File::ShareDir::Install
## File::Slurp
## File::Slurp::Tiny
## File::Which
## File::chdir
## File::pushd
## Font::TTF
## GIS::Distance
## GIS::Distance::Fast
## Geo::Distance
## Getopt::Simple
## Graph
## HTML-TableExtract
## HTTP::Message
## Hash::AutoHash
## Hash::AutoHash::Args
## Hash::FieldHash
## IO::CaptureOutput
## IO::SessionData
## IO::Stringy
## IPC::Run3
## IRI
## Importer
## Inline
## Inline::C
## JSON
## JSON::XS
## List::MoreUtils
## List::MoreUtils::XS
## List::Util
## Log::Log4perl
## MIME::Charset
## MIME::Tools
## MRO::Compat
## Math::CDF
## Math::Derivative
## Math::Random
## Math::Spline
## Math::Utils
## Mock::Config
## Module::Build
## Module::Build::Tiny
## Module::Implementation
## Module::Pluggable
## Module::Runtime
## Module::Runtime::Conflicts
## Moo
## MooX::HandlesVia
## MooX::Types::MooseLike
## Moose
## MooseX::ArrayRef
## Net::HTTP
## OLE::Storage_Lite
## PDF::API2
## Package::DeprecationManager
## Package::Stash
## Package::Stash::XS
## PadWalker
## Params::Util
## Params::ValidationCompiler
## Parse::RecDescent
## Path::Tiny
## Pegex
## Perl
## Perl::Tidy
## PostScript::Metrics
## Ref::Util
## Ref::Util::XS
## Regexp::Util
## Role::Tiny
## SOAP::Lite
## SUPER
## SVG
## SVG::Graph
## SWF::File
## Scope::Guard
## Set::Scalar
## Sort::Naturally
## Sort::Versions
## Specio
## Spiffy
## Spreadsheet::ParseExcel
## Statistics::Descriptive
## Statistics::Distributions
## Storable
## Sub::Exporter
## Sub::Exporter::Progressive
## Sub::Identify
## Sub::Info
## Sub::Install
## Sub::Quote
## Sub::Uplevel
## Task::Weaken
## Term::Size::Any
## Term::Size::Perl
## Term::Table
## Test2::Plugin::NoWarnings
## Test2::Suite
## Test::Base
## Test::CleanNamespaces
## Test::Deep
## Test::Differences
## Test::Exception
## Test::FailWarnings
## Test::Fatal
## Test::File::ShareDir
## Test::LeakTrace
## Test::Memory::Cycle
## Test::MockModule
## Test::MockObject
## Test::MockRandom
## Test::Most
## Test::Needs
## Test::NoWarnings
## Test::Number::Delta
## Test::Output
## Test::Pod
## Test::Pod::Content
## Test::Requires
## Test::RequiresInternet
## Test::Simple
## Test::Warn
## Test::Warnings
## Test::Without::Module
## Test::XML
## Test::YAML
## Text::Aligner
## Text::CSV_XS
## Text::Diff
## Text::Table
## Tie::Hash::MultiValue
## Tie::ToObject
## Tree::DAG_Node
## Type::Tie
## Type::Tiny
## Type::Tiny::XS
## Types::Serialiser
## UNIVERSAL::can
## UNIVERSAL::isa
## Unicode::LineBreak
## Unicode::UTF8
## Variable::Magic
## XML::CommonNS
## XML::DOM
## XML::Filter::BufferText
## XML::LibXML
## XML::Namespace
## XML::NamespaceFactory
## XML::Parser::Lite
## XML::RegExp
## XML::SAX
## XML::SAX::Writer
## XML::SemanticDiff
## XML::Simple
## XML::Twig
## XML::Writer
## XML::XML2JSON
## XML::XPath
## YAML
## YAML::LibYAML
## YAML::Syck
## bareword::filehandles
## common::sense
## indirect
## libwww::perl
## libxml-perl
## multidimensional
## namespace::autoclean
## namespace::clean
## strictures

3. usando \(perldoc\ perllocal\)

perldoc perllocal

## stty: 'entrada estándar': Función ioctl no apropiada para el dispositivo
##   Wed Jun 19 16:03:43 2019: "Module" Algorithm::Munkres
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.08"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:04 2019: "Module" Bio::Phylo
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: v2.0.1"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:10 2019: "Module" YAML::Syck
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.31"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:10 2019: "Module" XML::XML2JSON
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:14 2019: "Module" Data::TemporaryBag
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.09"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:14 2019: "Module" SWF::File
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.42"
## 
##     *   "EXE_FILES: dumpswf.plx"
## 
##   Wed Jun 19 16:04:21 2019: "Module" SVG
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.84"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:28 2019: "Module" Algorithm::Combinatorics
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.27"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:32 2019: "Module" Test::Requires
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.10"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:04:32 2019: "Module" Cache::LRU
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.04"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:05:26 2019: "Module" DBI
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.642"
## 
##     *   "EXE_FILES: dbilogstrip dbiprof dbiproxy"
## 
##   Wed Jun 19 16:06:06 2019: "Module" DBD::SQLite
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.62"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:06:41 2019: "Module" Sub::Identify
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.14"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:06:44 2019: "Module" Test::Warnings
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.026"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:06:48 2019: "Module" Data::UUID
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.224"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:06:55 2019: "Module" Test::Fatal
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.014"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:06:57 2019: "Module" Class::Method::Modifiers
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.12"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:06:59 2019: "Module" Sub::Exporter::Progressive
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.001013"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:00 2019: "Module" Devel::GlobalDestruction
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.14"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:04 2019: "Module" Role::Tiny
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.000006"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:06 2019: "Module" Sub::Quote
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.006003"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:09 2019: "Module" Moo
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.003004"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:12 2019: "Module" ExtUtils::Depends
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.8000"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:16 2019: "Module" Test::Number::Delta
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:17 2019: "Module" B::Hooks::OP::Check
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.22"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:17 2019: "Module" bareword::filehandles
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.007"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:20 2019: "Module" indirect
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.38"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:22 2019: "Module" multidimensional
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.014"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:22 2019: "Module" strictures
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.000006"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:26 2019: "Module" Class::XSAccessor
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.19"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:32 2019: "Module" Test::Deep
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.128"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:48 2019: "Module" Capture::Tiny
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.48"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:49 2019: "Module" Test::Output
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.031"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:50 2019: "Module" Data::Perl
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.002009"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:52 2019: "Module" MooX::Types::MooseLike
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.29"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:55 2019: "Module" Sub::Uplevel
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.2800"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:56 2019: "Module" Test::Exception
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.43"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:07:57 2019: "Module" MooX::HandlesVia
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.001008"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:09 2019: "Module" Type::Tiny
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.004004"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:11 2019: "Module" Type::Tiny::XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.014"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:12 2019: "Module" Type::Tie
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.014"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:18 2019: "Module" Test::LeakTrace
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.16"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:20 2019: "Module" Regexp::Util
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.005"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:23 2019: "Module" Ref::Util::XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.117"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:26 2019: "Module" Devel::StackTrace
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.04"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:30 2019: "Module" PadWalker
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.3"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:30 2019: "Module" Devel::Caller
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:31 2019: "Module" Devel::LexAlias
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.05"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:31 2019: "Module" IRI
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.009"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:54 2019: "Module" JSON
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 4.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:08:57 2019: "Module" Canary::Stability
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2013"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:14:16 2019: "Module" common::sense
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 3.74"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:14:17 2019: "Module" Types::Serialiser
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.0"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:14:19 2019: "Module" JSON::XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 4.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/json_xs"
## 
##   Wed Jun 19 16:14:50 2019: "Module" Log::Log4perl
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.49"
## 
##     *   "EXE_FILES: eg/l4p-tmpl"
## 
##   Wed Jun 19 16:14:54 2019: "Module" Dist::CheckConflicts
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.11"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:14:56 2019: "Module" CPAN::Meta::Check
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.014"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:02 2019: "Module" Params::Util
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.07"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:04 2019: "Module" Sub::Install
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.928"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:04 2019: "Module" Data::OptList
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.110"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:05 2019: "Module" Module::Implementation
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.09"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:08 2019: "Module" Package::Stash
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.38"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/package-stash-conflicts"
## 
##   Wed Jun 19 16:15:10 2019: "Module" Package::Stash::XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.29"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:13 2019: "Module" Test::Needs
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.002006"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:14 2019: "Module" Class::Load
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.25"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:16 2019: "Module" Class::Load::XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.10"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:18 2019: "Module" MRO::Compat
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.13"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:18 2019: "Module" Devel::OverloadInfo
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.005"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:20 2019: "Module" Eval::Closure
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.14"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:34 2019: "Module" Perl::Tidy
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 20190601"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/perltidy"
## 
##   Wed Jun 19 16:15:35 2019: "Module" Module::Runtime::Conflicts
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.003"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:38 2019: "Module" Package::DeprecationManager
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.17"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:39 2019: "Module" Sub::Exporter
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.987"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:41 2019: "Module" File::pushd
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.016"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:46 2019: "Module" Variable::Magic
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.62"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:47 2019: "Module" B::Hooks::EndOfScope
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.24"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:48 2019: "Module" namespace::clean
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.27"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:15:49 2019: "Module" Test::CleanNamespaces
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.24"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:16:45 2019: "Module" Moose
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.2011"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/moose-outdated"
## 
##   Wed Jun 19 16:16:47 2019: "Module" MooseX::ArrayRef
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.005"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:16:49 2019: "Module" Set::Scalar
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.29"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:16:55 2019: "Module" Test::Without::Module
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.20"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:17:00 2019: "Module" Text::Diff
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.45"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:17:01 2019: "Module" Test::Differences
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.67"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:17:18 2019: "Module" Text::CSV_XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.39"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:17:36 2019: "Module" Encode
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 3.01"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/enc2xs bin/encguess bin/piconv"
## 
##   Wed Jun 19 16:17:41 2019: "Module" XML::NamespaceFactory
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:17:43 2019: "Module" XML::Namespace
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:17 2019: "Module" File::ShareDir::Install
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.13"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:21 2019: "Module" Class::Inspector
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.34"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:22 2019: "Module" File::ShareDir
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.116"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:35 2019: "Module" List::MoreUtils::XS
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.428"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:43 2019: "Module" List::MoreUtils
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.428"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:46 2019: "Module" Class::Data::Inheritable
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.08"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:46 2019: "Module" Exception::Class
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.44"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:52 2019: "Module" Specio
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.43"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:55 2019: "Module" Ref::Util
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.204"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:18:56 2019: "Module" IPC::Run3
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.048"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:15 2019: "Module" Test::Simple
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.302164"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:17 2019: "Module" Importer
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.025"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:22 2019: "Module" Module::Pluggable
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 5.2"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:23 2019: "Module" Scope::Guard
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.21"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:24 2019: "Module" Sub::Info
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.002"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:25 2019: "Module" Term::Table
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.013"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:29 2019: "Module" MIME::Charset
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.012.2"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:34 2019: "Module" Unicode::LineBreak
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2019.001"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:38 2019: "Module" Devel::Hide
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.0010"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:39 2019: "Module" Term::Size::Perl
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.031"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:39 2019: "Module" Term::Size::Any
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.002"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:51 2019: "Module" Test2::Suite
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.000122"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:52 2019: "Module" Test2::Plugin::NoWarnings
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.07"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:54 2019: "Module" Params::ValidationCompiler
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.30"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:58 2019: "Module" Class::Tiny
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.006"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:19:59 2019: "Module" Test::FailWarnings
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.008"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:02 2019: "Module" Path::Tiny
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.108"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:06 2019: "Module" Unicode::UTF8
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.62"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:07 2019: "Module" Test::MockRandom
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.01"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:09 2019: "Module" Test::File::ShareDir
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.001002"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:11 2019: "Module" namespace::autoclean
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.28"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:28 2019: "Module" DateTime::Locale
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.24"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:31 2019: "Module" Class::Singleton
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.5"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:33 2019: "Module" DateTime::TimeZone
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.35"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:44 2019: "Module" DateTime
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.51"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:45 2019: "Module" DateTime::Format::W3CDTF
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.07"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:20:56 2019: "Module" Spiffy
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.46"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:02 2019: "Module" Test::Base
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.89"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:02 2019: "Module" Test::YAML
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.07"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/test-yaml"
## 
##   Wed Jun 19 16:21:08 2019: "Module" YAML
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.29"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:18 2019: "Module" Test::Pod
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.52"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:22 2019: "Module" ExtUtils::Config
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.008"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:23 2019: "Module" ExtUtils::Helpers
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.026"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:24 2019: "Module" ExtUtils::InstallPaths
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.012"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:51 2019: "Module" Font::TTF
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:55 2019: "Module" Devel::Cycle
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.12"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:21:56 2019: "Module" Test::Memory::Cycle
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:01 2019: "Module" PDF::API2
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.033"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:03 2019: "Module" Math::Random
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.72"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:06 2019: "Module" Math::CDF
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.1"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:10 2019: "Module" ExtUtils::PkgConfig
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.16"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:20 2019: "Module" Tie::Hash::MultiValue
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.05"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:22 2019: "Module" Tie::ToObject
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.03"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:30 2019: "Module" IO::Stringy
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.111"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:22:35 2019: "Module" Clone
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.41"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:05 2019: "Module" Convert::Binary::C
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.78"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/ccconfig"
## 
##   Wed Jun 19 16:23:10 2019: "Module" Data
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.14"
## 
##     *   "EXE_FILES: scripts/stag-autoschema.pl scripts/stag-db.pl
##         scripts/stag-diff.pl scripts/stag-drawtree.pl scripts/stag-filter.pl
##         scripts/stag-findsubtree.pl scripts/stag-flatten.pl
##         scripts/stag-grep.pl scripts/stag-handle.pl
##         scripts/stag-itext2simple.pl scripts/stag-itext2simple.pl
##         scripts/stag-itext2sxpr.pl scripts/stag-itext2xml.pl
##         scripts/stag-join.pl scripts/stag-merge.pl scripts/stag-mogrify.pl
##         scripts/stag-parse.pl scripts/stag-query.pl scripts/stag-splitter.pl
##         scripts/stag-view.pl scripts/stag-xml2itext.pl"
## 
##   Wed Jun 19 16:23:19 2019: "Module" IO::CaptureOutput
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.1104"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:20 2019: "Module" Mock::Config
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.03"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:22 2019: "Module" Devel::CheckLib
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.13"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/use-devel-checklib"
## 
##   Wed Jun 19 16:23:41 2019: "Module" Graph
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.9704"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:46 2019: "Module" HTML-TableExtract
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.15"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:51 2019: "Module" HTTP::Message
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 6.18"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:55 2019: "Module" Net::HTTP
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 6.19"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:23:58 2019: "Module" Test::RequiresInternet
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.05"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:14 2019: "Module" libwww::perl
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 6.39"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/lwp-download bin/lwp-dump bin/lwp-mirror
##         bin/lwp-request"
## 
##   Wed Jun 19 16:24:16 2019: "Module" PostScript::Metrics
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:22 2019: "Module" List::Util
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.50"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:25 2019: "Module" IO::SessionData
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.03"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:27 2019: "Module" Task::Weaken
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.06"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:30 2019: "Module" Test::Warn
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.36"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:32 2019: "Module" XML::Parser::Lite
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.722"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:37 2019: "Module" SOAP::Lite
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.27"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/SOAPsh.pl bin/stubmaker.pl"
## 
##   Wed Jun 19 16:24:47 2019: "Module" XML::XPath
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.44"
## 
##     *   "EXE_FILES: examples/xpath"
## 
##   Wed Jun 19 16:24:50 2019: "Module" XML::Filter::BufferText
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.01"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:50 2019: "Module" XML::SAX::Writer
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.57"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:54 2019: "Module" UNIVERSAL::can
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.20140328"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:55 2019: "Module" UNIVERSAL::isa
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.20171012"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:24:56 2019: "Module" Test::MockObject
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.20180705"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:25:02 2019: "Module" MIME::Tools
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 5.509"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:25:08 2019: "Module" File::Slurp
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 9999.27"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:25:11 2019: "Module" Test::Most
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.35"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:25:12 2019: "Module" Convert::BinHex
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.125"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/binhex.pl bin/debinhex.pl"
## 
##   Wed Jun 19 16:25:13 2019: "Module" DIME::Tools
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.04"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:31:41 2019: "Module" Sort::Naturally
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.03"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:31:45 2019: "Module" Crypt::RC4
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:31:47 2019: "Module" Digest::Perl::MD5
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.9"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:31:48 2019: "Module" OLE::Storage_Lite
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.19"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:31:52 2019: "Module" Spreadsheet::ParseExcel
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.65"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:31:57 2019: "Module" Storable
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 3.15"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:05 2019: "Module" Math::Spline
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:10 2019: "Module" File::Slurp::Tiny
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.004"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:11 2019: "Module" Tree::DAG_Node
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.31"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:12 2019: "Module" SVG::Graph
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:17 2019: "Module" libxml-perl
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.08"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:17 2019: "Module" XML::RegExp
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.04"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:18 2019: "Module" XML::DOM
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.46"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:25 2019: "Module" File::Which
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.23"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:27 2019: "Module" FFI::CheckLib
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.24"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:29 2019: "Module" File::chdir
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.1010"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:39 2019: "Module" Alien::Build
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.74"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:32:40 2019: "Module" Sort::Versions
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.62"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:33:30 2019: "Module" Alien::Libxml2
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.09"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 16:33:41 2019: "Module" XML::LibXML
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.0201"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 19:54:57 2019: "Module" XML::SAX
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 19:55:11 2019: "Module" XML::Simple
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 2.25"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 20:11:38 2019: "Module" XML::Twig
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 3.52"
## 
##     *   "EXE_FILES: tools/xml_grep/xml_grep tools/xml_merge/xml_merge
##         tools/xml_pp/xml_pp tools/xml_spellcheck/xml_spellcheck
##         tools/xml_split/xml_split"
## 
##   Wed Jun 19 20:11:41 2019: "Module" XML::Writer
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.625"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 22:51:17 2019: "Module" Inline
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.83"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 22:51:24 2019: "Module" YAML::LibYAML
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.79"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 22:51:25 2019: "Module" Pegex
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.70"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 22:51:51 2019: "Module" Inline::C
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 0.81"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Wed Jun 19 22:51:54 2019: "Module" Test::NoWarnings
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.04"
## 
##     *   "EXE_FILES: "
## 
##   Sun Oct 13 17:34:58 2019: "Module" Bio::EUtilities
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.75"
## 
##     *   "EXE_FILES: bin/bp_einfo bin/bp_genbank_ref_extractor"
## 
##   Fri Nov 22 01:27:46 2019: "Module" Statistics::Distributions
##     *   "installed into: /usr/local/share/perl/5.26.1"
## 
##     *   "LINKTYPE: dynamic"
## 
##     *   "VERSION: 1.02"
## 
##     *   "EXE_FILES: "

4. One-liners para encontrar todos los módulos instalados en el sistema

  
    find `perl -e 'print "@INC"' ` -name '*.pm' -print
    find `perl -e 'print "@INC"' ` -name '*.pm' -print | wc -l
    find `perl -e 'print "@INC"' ` -name '*.pm' -print | grep Statist

    # Perl 1liner para encontrar todos los módulos instalados en el sistema
    perl -MFile::Find=find -MFile::Spec::Functions -Tlwe 'find { wanted => sub{ print canonpath $_ if /\.pm\z/ }, no_chdir => 1 }, @INC'

5.1 Definiciones simplificadas de conceptos y términos de programación dirigida a objetos

5.2 Uso de clases: una perspectiva de usuario del uso de módulos con interfaz dirigida a objetos

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

use File::Basename;
use Statistics::Descriptive::Discrete;

my $progname = basename($0);
my $VERSION  = '0.01';
my $stats    = Statistics::Descriptive::Discrete->new();

print "# Please enter at least three integers between 0 and 100: e.g. 1 4 4 5 3 6 4\n";
chomp( my $data_string = <> );
my @digits = split /\s+/, $data_string;

die "# ERROR: need to enter at least three integers between 0 and 100: e.g. 1 4 4 5 3 6 4\n"
    if @digits < 3;

# make sure only integers were provided
my @non_digits = grep  { !/\d+/ } @digits;
die "# ERROR: need to enter at least three integers between 0 and 100: e.g. 1 4 4 5 3 6 4\n"
    if @non_digits ;

$stats->add_data(@digits);

print "count = ",              $stats->count(),              "\n";
print "uniq  = ",              $stats->uniq(),               "\n";
print "sum = ",                $stats->sum(),                "\n";
print "min = ",                $stats->min(),                "\n";
print "max = ",                $stats->max(),                "\n";
print "mean = ",               $stats->mean(),               "\n";
print "standard_deviation = ", $stats->standard_deviation(), "\n";
print "variance = ",           $stats->variance(),           "\n";
print "sample_range = ",       $stats->sample_range(),       "\n";
print "mode = ",               $stats->mode(),               "\n";
print "median = ",             $stats->median(),             "\n";

# Please enter at least three integers between 0 and 100: e.g. 1 4 4 5 3 6 4
1 4 4 5 3 6 4     
count = 7
uniq  = 5
sum = 27
min = 1
max = 6
mean = 3.85714285714286
standard_deviation = 1.57359158493889
variance = 2.47619047619048
sample_range = 5
mode = 4
median = 4

6.1 ¿Porqué una interfaz dirigida a objetos?

Resulta que diseñar y abstraer el código en términos de clases y objetos es la técnica de programación más flexible, y en última instancia simple y escalable, para trabajar con datos de gran complejidad, como son los biológicos. Cada “dato”, como una secuencia, un genoma o una entrada de una base de datos, tiene una gran cantidad de atributos asociados, todos los cuales pueden ser modelados de manera consistente usando un sistema de clases o módulos con interfaz dirigida a objetos.

6.2 Instalación de BioPerl

En sistemas Linux basados en Debian, la instalación de bioperl se puede hacer fácilmente usando el manejador de paquetes \(apt\)

• Lista los paquetes relacionados al proyecto BioPerl

  apt-cache search bioperl
  

• Instalación en los directorios pre-definidos (\(@INC\)) del sistema

  sudo apt install bioperl
  

Nota: Para las prácticas de este tema, es suficiente que instalen el conjunto de módulos básicos

• Instalación en tu $HOME con CPANminus

  cpanm Bio::Perl
  

Si tienes otros sistemas operativos, sigue las instrucciones en la página de installation, que encontrarás aquí: https://bioperl.org/INSTALL.html

6.3 Clases, un tipo especial de módulo

Como se mencionó en la sección anterior, los módulos del proyecto BioPerl tiene una interfaz dirigida a objetos. Las clases son un tipo de módulo que incluye siempre, por definición, una subrutina ‘\(new\)’, en español ‘constructor’, que genera las instancias de la clase al hacer la llamada my $object = clase->new()..

Desde un punto de vista conceptual, un objeto o instancia de una clase es un agregado de variables (atributos), con identidad propia, que además incorpora una serie de subrutinas (métodos) para interaccionar con el mundo exterior o acceder a los contenidos del mismo.

En la práctica, una clase es un tipo de módulo que crea copias temporales de sí mismo, que duran mientras corre el programa que la invoca, cada una con su propia identidad. A cada instancia o copia de la clase le llamamos ‘objeto’. Un ejemplo en Biología podría ser la clase de las proteínas, que son polímeros de aminoácidos, pero cada una, cada objeto perteneciente a la clase, como la calmodulina, tiene su propia función, secuencia y nombre.

En este tema no podemos describir cómo se programan clases, nos limitaremos a aprender a usarlas. Es importante señalar que un módulo con interfaz dirigida a objetos, generalmente no utiliza el mecanismo de imporación-exportación descrito arriba para módulos tradicionales. La interfaz dirigida a objetos se basa en el uso de constructores, destructores, métodos, herencia y sobrecarga de operadores.

Desde la óptica del usuario, lo relevante es entender que tenemos que generar objetos e interactuar con ellos mediante los métodos asociados.

6.4 Creación de un objeto de secuencias de la clase \(Bio::Seq\)

Dado que BioPerl cuenta con mucho módulos, tenemos que llamar al módulo adecuado para resolver nuestro problema. \(Bio::Seq\) es la clase principal para trabajar con secuencias en BioPerl. \(Bio::SeqIO\) puede leer y escribir secuencias biológicas en múltiples formatos, y por tanto tambien transformarlas de un formato a otro.

1. Llamada al módulo/clase \(Bio::Seq\)

#!/usr/bin/env perl 

use strict;
use warnings;

use Bio::Seq;

2. Generación de un objeto o instancia específica (copia) de la clase \(Bio::Seq\) guardado en la variable \(\$seq\_obj\). Esta variable es una referencia escalar.

# generación de un objeto
my $seq_obj = Bio::Seq->new(-seq => 'ATGATTGCACATTATAA',
                         -alphabet => 'dna' );

3. Para poder acceder a nuestra secuencia, tenemos que usar el método \(seq()\) del objeto \(\$seq\_obj\) para acceder a ella:

print $seq_obj->seq;

Va el script completo:

#!/usr/bin/env perl 

use strict;
use warnings;

use Bio::Seq;

my $seq_obj = Bio::Seq->new(-seq      => 'ATGATTGCACATTATAA',
                            -alphabet => 'dna' );

print $seq_obj->seq;

## ATGATTGCACATTATAA

La variable \(\$seq\_obj\) es un el objeto sequencia, un objeto muy simple ya que sólo contiene la secuencia, con un solo atributo: alfabeto tipo dna (también hay rna y proteína).

Los objetos de secuencia pueden ser creados manualmente, como hicimos arriba, pero son creados automáticamente en muchas operaciones de BioPerl, como cuando trabajamos con alineamientos o con entradas de bases de datos como Blast o GenBank.

El objeto \(\$seq\_obj\) no sólo es un “contenedor” para la secuencia. Los objetos de la clase \(Bio::Seq\) tienen el método \(seq()\), que imprime su contenido.

Además, podemos añadir más atributos al objeto \(\$seq\_obj\), como se muestra seguidamente.

$seq_obj = Bio::Seq->new(-seq        => "ATGATTGCACATTATAA",
                         -display_id => "XXX_0123",
                         -desc       => "Bichococcus imaginarius, genX",
                         -alphabet   => "dna" );

#!/usr/bin/env perl 

use strict;
use warnings;

use Bio::Seq;

my $seq_obj = Bio::Seq->new(-seq        => "ATGATTGCACATTATAA",
                            -display_id => "XXX_0123",
                            -desc       => "Bichococcus imaginarius, genX",
                            -alphabet   => "dna" );

# imprimimos la secuencia en formato FASTA
print ">", $seq_obj->id,  "|", $seq_obj->desc, "\n", $seq_obj->seq, "\n";

## >XXX_0123|Bichococcus imaginarius, genX
## ATGATTGCACATTATAA

6.5 Leer e imprimir secuencias con métodos de la clase \(Bio::SeqIO\)

Si queremos imprimir a un archivo el contenido del objeto \(\$seq\_obj\) que generamos arriba, podemos hacer uso de un nuevo objeto, de la clase \(Bio::SeqIO\), especializado en leer desde y escribir en archivos. De ahi su nombre SeqIO(), que alude a “sequence Input/Output”

use Bio::SeqIO;
...
my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => '>sequence.fasta', 
                                -format => 'fasta' );

Lo interesante es que los objetos de las clases \(Bio::Seq\) \(Bio::SeqIO\) pueden trabajar de manera coordinada, como se muestra en el siguiente ejemplo:

#!/usr/bin/env perl 

use strict;
use warnings;

# l1. lamada a las clases
use Bio::Seq; 
use Bio::SeqIO;

# 2. generamos una instancia de la clase Bio::Seq
my $seq_obj = Bio::Seq->new(-seq        => "ATGATTGCACATTATAA",
                            -display_id => "XXX_0123",
                            -desc       => "Bichococcus imaginarius, genX",
                            -alphabet   => "dna" );

# 3. imprimimos la secuencia en formato FASTA usando una instancia de Bio::SeqIO
# 3.1 generamos un nuevo objeto de la clase  Bio::SeqIO
my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => '>Bichococcus_imaginarius_genX.fasta', 
                                -format => 'fasta' );

# 3.2 usamos el método write_seq() del objeto $seqio_obj para escribir el contenido del
# objeto $seq_obj a disco.
$seqio_obj->write_seq($seq_obj);

[ -s Bichococcus_imaginarius_genX.fasta ] && cat Bichococcus_imaginarius_genX.fasta

## >XXX_0123 Bichococcus imaginarius, genX
## ATGATTGCACATTATAA

my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => '>Bichococcus_imaginarius_genX.gbk', 
                                -format => 'genbank' );

## LOCUS       XXX_0123                  17 bp    dna     linear   UNK 
## DEFINITION  Bichococcus imaginarius, genX
## ACCESSION   unknown
## FEATURES             Location/Qualifiers
## ORIGIN      
##         1 atgattgcac attataa
## //

#!/usr/bin/env perl 

use strict;
use warnings;

# l1. lamada a las clases
use Bio::SeqIO;

# 2. leamos la la secuencia en formato GenBank usando una instancia de Bio::SeqIO
# 2.1  generando un nuevo objeto de la clase  Bio::SeqIO
my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => 'Bichococcus_imaginarius_genX.gbk', 
                                -format => 'genbank' );

# 2.2 usamos el método next_seq() del objeto $seqio_obj leer el contenido del
# objeto $seqio_obj y asignarlo a un nuevo objeto $seq_obj.

# para leer una sola secuencia usamos:
# my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq();

# si el objeto contiene varias, ponemos la llamada a next_seq() dentro de un bucle while
while ( my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq ) {
    # print the sequence
    print ">", $seq_obj->id, "\n", $seq_obj->seq,"\n";
}

## >XXX_0123
## ATGATTGCACATTATAA

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use File::Basename;
use Bio::SeqIO; 

my $progname = basename($0);

my $VERSION = 0.2; # November 21st, 2013

# get command-line arguments, or die with a usage statement

my $usage =<<"EOF";

USAGE:
$progname v.$VERSION infile infileformat outfile outfileformat

accepted formats are:

   Fasta       FASTA format
   EMBL        EMBL format
   GenBank     GenBank format
   swiss       Swissprot format
   PIR         Protein Information Resource format
   GCG         GCG format
   raw         Raw format (one sequence per line, no ID)
   ace         ACeDB sequence format
   game        GAME XML format
   phd         phred output
   qual        Quality values (get a sequence of quality scores)
   Fastq       Fastq format
   SCF         SCF tracefile format
   ABI         ABI tracefile format
   ALF         ALF tracefile format
   CTF         CTF tracefile format
   ZTR         ZTR tracefile format
   PLN         Staden plain tracefile format
   EXP         Staden tagged experiment tracefile format

EOF

my $infile        = shift or die $usage;
my $infileformat  = shift or die $usage;
my $outfile       = shift or die $usage;
my $outfileformat = shift or die $usage;

 
# create one SeqIO object to read in,and another to write out
my $in = Bio::SeqIO->new(
                             -file   => "<$infile",
                             -format => $infileformat,
                             );
my $out = Bio::SeqIO->new(
                              -file   => ">$outfile",
                              -format => $outfileformat,
                              );
 
# write each entry in the input file to the output file
while (my $seq = $in->next_seq) {
       $out->write_seq($seq);
}

./convert_seqFormats_SeqIO.pl Bichococcus_imaginarius_genX.gbk genbank Bichococcus_imaginarius_genX.embl EMBL

[ -s Bichococcus_imaginarius_genX.embl ] && cat 'Bichococcus_imaginarius_genX.embl'

## ID   XXX_0123   standard; dna; UNK; 17 BP.
## XX
## AC   unknown;
## XX
## DE   Bichococcus imaginarius, genX
## XX
## FH   Key             Location/Qualifiers
## FH
## XX
## SQ   Sequence 17 BP; 7 A; 2 C; 2 G; 6 T; 0 other;
##      atgattgcac attataa                                                       17
## //

7.0.1 Escribir \(run\_PhyloTools.pl\) que llama a PhyloTools.pm

En el repositorio está el script \(run\_phylo\_pipeline1.pl\) que han de modifcar para que:

1. Tenga una interfaz de usuario con Getopts::Std
2. Llame a archivos de secuencia de DNA o Proteína en formao FASTA
3. Haga alineaminetos múltiples con muscle o clustalo, y escriba los alineamientos en un formato especificado por el usuraio
4. Corra FastTree o Phyml para inferir filogenias de máxima verosimilitud, a partir de los alineamientos. Tomar en cuenta que FastTree requiere alineamientos en formato FASTA y PhyML en formato PHYLIP
5. En el caso de elegir PhyML, que el usuario le pueda pasar el modelos de sustitución o matriz empírica a usar para estimar la filogenia de alineamientos de nt|aa
6. Pueda hacer LRTs entre parejas de hipótesis anidadas, para seleccionar el mejor modelo
7. Llame a PhyloTools.pm, que tiene las subrutinas ya pre-programadas para los requisitos arriba listados

• Puden usar el script \(run\_phylo\_pipeline1.pl\) como punto de arranque, y modifíquenlo acorde a sus necesidades, o para hacer lo que arriba se sugiere.

• Va un ejemplo de corrida \(run\_phylo\_pipeline1.pl\) sin argumentos

script_dir=$HOME/Cursos/perl4bioinfo/my_code
$script_dir/run_phylo_pipeline1.pl

##   
##   USAGE:
##     run_phylo_pipeline1.pl version 0.2 requires 2 arguments:
## 
##     - Required
##         1. A fasta file name 
##  2. Sequence type: <aa|nt>
## 
##     - Optional
##         3. an alignment algorithm name <clustalo|muscle>; default: clustalo
##      
##   AIM:
##     will run clustalo or muscle to align the input fasta file 
##          and FastTree to infer phylogeny
##     
##   CWD:
##     /home/vinuesa/Cursos/perl4bioinfo    
## 

• Va un ejemplo de corrida \(run\_phylo\_pipeline1.pl\) con argumentos

script_dir=$HOME/Cursos/perl4bioinfo/my_code
$script_dir/run_phylo_pipeline1.pl GDP_12_prokEuc.faa aa clustalo

## # sub run_clustalo is running /usr/local/bin/clustalo -i GDP_12_prokEuc.faa -o GDP_12_prokEuc_cluoAln.faa --force
## # run_clustalo() returned aligned outfile GDP_12_prokEuc_cluoAln.faa
## # sub run_FastTree is running: /usr/local/bin/FastTree -lg -gamma -quiet < GDP_12_prokEuc_cluoAln.faa > GDP_12_prokEuc_cluoAln_FTLGG.ph
## # run_clustalo() returned aligned outfile GDP_12_prokEuc_cluoAln_FTLGG.ph

• pueden visualizar y editar el alineamiento GDP_12_prokEuc_cluoAln.faa con \(seaview\)
• pueden visualizar y editar el árbol GDP_12_prokEuc_cluoAln_FTLGG.ph con \(figtree\)

Es todo, les deseamos mucho éxito en su futuro como programadores de Perl!