Curso de OMICAS-UAEM, módulo de Genómica

Ediciones del módulo de Genómica

  1. Octubre-Noviembre 2017
  2. Febrero-Marzo 2018

Esta es la segunda edición impartida, pero la primera con el matrial didáctico distributido públicamente a través de GitHub.


Presentación

El profesor

Hola, me llamo Pablo Vinuesa. Soy investigador titular del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM.

Mis líneas de investigación integran la genómica y la bioinformática con la biología y genética molecular para entender la evolución y emergencia de patógenos oportunistas a partir de microbios ambientales.

¿Dónde se dan las clases?

Las clases se imparten en el salón 3 de la LCG-UNAM, de 13 a 16 hrs, en los días indicados abajo.


Temario

El módulo consta de tres temas. Cada uno tiene su bloque de teoría y prácticas asociadas:

  1. Introducción al biocómputo en sistemas GNU/Linux
  2. Genómica comparativa y pan-genómica
  1. Filogenómica y estructura filogenética del pan-genoma

Desde este sitio se distribuyen los materiales didácticos bajo la licencia de Creative Commons.

Tema 1: Introducción al biocómputo en sistemas GNU/Linux (23-02-2018)

Dado que generalmente el trabajo en genómica se realiza en servidores UNIX o GNU/Linux de alto rendimiento, es esencial familiarizarse con este ambiente de cómputo al inicio de la formación académica. En consecuencia:

  • todas las prácticas asociadas a este módulo se realizan en un servidor GNU/Linux
  • iniciamos el módulo aprendiendo Linux

Práctica 1. Primer contacto con un sistema GNU/Linux

Práctica 2. Descarga de secuencias en formato FASTA de GenBank usando el sistema ENTREZ y parseo de los archivos usando herrramientas de filtrado